A pena de João de Deus foi reduzida de quase 480 para cerca de 211 anos após revisões judiciais que alteraram parte das condenações. A principal razão foi o acolhimento de recursos da defesa no Tribunal de Justiça de Goiás (TJGO), que levaram à revisão de sentenças. Em vários casos, as penas foram diminuídas após reavaliação das decisões em segunda instância, com cortes significativos no tempo de prisão inicialmente fixado.

Outro fator decisivo foi a chamada decadência do direito de representação. Em alguns processos, a Justiça entendeu que o prazo legal para denúncia havia expirado, o que resultou na extinção total de determinadas penas. Em um dos casos, por exemplo, a punição pelo crime de violação sexual mediante fraude e estupro de vulnerável caiu de mais de 50 anos para pouco mais de 9 após recurso. Com isso, o total das condenações foi recalculado e praticamente cortado pela metade, embora o ex-líder religioso continue respondendo a múltiplos crimes em diferentes processos.

João de Deus foi condenado por uma série de crimes sexuais, incluindo estupro, estupro de vulnerável e violação sexual mediante fraude, cometidos sob o pretexto de atendimentos espirituais em Abadiânia (GO), caso que veio à tona em 2018 e reuniu centenas de denúncias de abuso contra mulheres. Desde 2021, ele cumpre prisão domiciliar em Anápolis, em razão da sua idade.